دستورالعمل شماره 29659 مورخ 1399/03/13 صادره از سوی وزیر امور اقتصادی و دارایی، نحوه انتخاب و رسیدگی به اسناد و اظهارنامه مودیان عضو سامانه مودیان را در چارچوب قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان تعیین می‌کند.مهم‌ترین مفاد این دستورالعمل عبارت است از:1. تعاریف و مفاهیم کلیدیدر این دستورالعمل مفاهیمی مانند:سازمان امور مالیاتی کشور قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان کارپوشه مودیان شرکت معتمد سامانه مودیان مرکز تنظیم مقررات تعریف و تبیین شده‌اند.2. انتخاب مودیان برای رسیدگیسازمان امور مالیاتی مجاز است حداکثر ظرف یک ماه پس از پایان مهلت تسلیم اظهارنامه عملکرد هر سال، حداکثر 2.5 درصد از مودیان عضو سامانه مودیان را که اظهارنامه خود را در موعد مقرر تسلیم کرده‌اند، به‌صورت:سیستمی خوشه‌ای و قرعه‌کشی تصادفی برای بررسی و انطباق اطلاعات انتخاب نماید.هدف از این رسیدگی، بررسی صحت اسناد ثبت‌شده در سامانه مودیان و تطبیق آن با اظهارنامه مالیاتی و دفاتر قانونی است.3. ابلاغ زمان رسیدگی و بررسی اسناداداره امور مالیاتی موظف است تاریخ مراجعه برای بررسی دفاتر، اسناد و مدارک مورد نیاز را با رعایت آیین‌نامه اجرایی ماده 219 قانون مالیات‌های مستقیم به مودی ابلاغ کند.4. انطباق دفاتر و اطلاعات سامانه مودیاناداره امور مالیاتی مکلف است:دفاتر قانونی اسناد و مدارک مالیاتی اطلاعات ثبت‌شده در کارپوشه مودیان و اظهارنامه مالیاتی را با یکدیگر تطبیق و بررسی نماید.بر اساس تبصره ماده 4:اگر مغایرتی میان اطلاعات دفاتر، اسناد و اطلاعات ثبت‌شده در سامانه مودیان وجود نداشته باشد و اظهارنامه نیز مطابق مقررات تنظیم شده باشد، اداره امور مالیاتی گزارش انطباق صادر و اظهارنامه را تأیید خواهد کرد. در صورت وجود مغایرت یا تخلف، رسیدگی طبق قوانین و مقررات مالیاتی انجام می‌شود. 5. عدم همکاری مودیدر صورتی که مودی:از ارائه دفاتر و اسناد خودداری کند، یا در محل رسیدگی حاضر نشود، اداره امور مالیاتی مطابق قوانین مالیاتی و مقررات قانون پایانه‌های فروشگاهی اقدام خواهد کرد.این دستورالعمل با هدف افزایش شفافیت اطلاعات مالی، اعتبارسنجی داده‌های ثبت‌شده در سامانه مودیان، توسعه رسیدگی سیستمی و کاهش تخلفات مالیاتی صادر شده است.