ماده ۶ قانون موقوفات تاکید می‌کند که صرف درآمد موقوفات برای بقاء و آبادانی عین موقوفه مقدم است و متولی باید شرایط بهره‌برداری صحیح را فراهم کند. همچنین اگر درآمد سالیانه برای تعمیر کافی نباشد، درآمد چند سال ذخیره شده و به موقع مصرف خواهد شد.
ماده ۵ قانون موقوفات اجازه می‌دهد سازمان حج و اوقاف شخص یا هیأتی متدین و امانتدار را به عنوان امین یا هیأت امناء برای اداره اماکن و اموال مرتبط منصوب کند. آیین‌نامه‌های مربوط به انتخاب، وظایف و حق‌الزحمه آن‌ها بر اساس ویژگی اماکن توسط هیأت وزیران تصویب می‌شود. همچنین نذورات نقدی بدون مصرف مشخص و درآمد فروش اموال مازاد در امور عمران، رفاه زائران، نشر معارف اسلامی و کمک به مدارس دینی صرف می‌گردد.
ماده ۴ قانون موقوفات، متولی موقوفه را کسی می‌داند که طبق وقفنامه و قانون مدنی یا قانون موقوفات این سمت را دارد. در صورت نبود یا ممنوع‌المداخله بودن متولی، موقوفه در حکم بدون متولی قرار می‌گیرد. همچنین در موقوفاتی که شرط مباشرت نشده، انتخاب وکیل متولی باید با توانایی انجام وظایف باشد و در صورت عدم توانایی وکیل، پس از ابلاغ و اقدام متولی، موضوع به دادگاه ارجاع می‌شود.
ماده ۳ قانون موقوفات، هر موقوفه را دارای شخصیت حقوقی مستقل دانسته و تعیین می‌کند که متولی یا سازمان مربوط به عنوان نماینده قانونی آن عمل می‌کنند.
ماده ۲ قانون اوقاف، سازمان اوقاف را از نخست‌وزیری منتزع کرده و اداره امور حج، زیارت، اماکن متبرکه اسلامی خارج از کشور و امور اوقاف را به عنوان سازمان حج و اوقاف و امور خیریه وابسته به وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی مقرر می‌دارد.
ماده ۱ قانون سازمان حج و اوقاف، سازمان اوقاف را به سازمان حج و اوقاف و امور خیریه تغییر نام داده و وظایفی مانند اداره موقوفات عام و خاص، اماکن مذهبی، مؤسسات خیریه و امور مرتبط با ولی فقیه را به آن واگذار می‌کند. همچنین استثناهایی برای برخی بقاع متبرکه و موقوفات خاص تعیین می‌نماید.
