دستورالعمل شماره ۱۲۳۱ (مورخ ۱۳۷۹/۰۱/۲۲) صادره از سوی وزیر امور اقتصادی و دارایی، چارچوب اجرایی وصول مالیات‌های غیرمستقیم سال ۱۳۷۹ را تبیین می‌کند. این سند تکالیف کارخانجات دولتی، خودروسازان (مالیات ۱۰ درصدی)، شرکت مخابرات، دخانیات، تولیدکنندگان نوشابه و آبمیوه (۷۰ ریال برای هر ۳۰۰ سی‌سی) و گمرک ایران را برای هماهنگی با خزانه و واریز به حساب‌های مربوطه مشخص می‌نماید.
دستورالعمل شماره ۶۲۰۷/۲۰ مورخ ۱۳۵۴/۰۴/۰۳ وزارت امور اقتصادی و دارایی به تبیین فرمول‌های دقیق و هماهنگ محاسباتی برای اعمال معافیت ۱۰٪ مالیات شرکت‌ها، معافیت ۱۵٪ بورس، نحوه برخورد با سود سهام دریافتی از سایر شرکت‌ها و محاسبات مالیاتی شرکتهای تعاونی پرداخته است.
دستورالعمل شماره ۳۰/۴/۳۱۲۶/۱۸۷۳۴ معاونت درآمدهای مالیاتی، با هدف رعایت عدالت در مالیات شرکتهای ساختمانی و راهسازی ابلاغ شد. به موجب این دستورالعمل، ممیزان موظفند هزینه‌های واقعی و عینی پیمانکاران را بپذیرند و از مطالبه مدارک خارج از توان مودی اجتناب کنند. همچنین مطالبه مجدد مالیات حقوق شعب و مالیات تکلیفی واگذاری کار به پیمانکار دست دوم بدون مدارک متقن ممنوع گردید.
دستورالعمل شماره ۱۰۰۸۵ وزیر امور اقتصادی و دارایی، منشوری جامع جهت توسعه فرهنگ مالیاتی و دادرسی عادلانه است. این سند مأموران را به تکریم مودیان، اولویت‌دهی به ابلاغ واقعی اوراق، پرهیز از رد غیر اصولی دفاتر قانونی، و اعمال اختیارات کامل بدون محدودیت درصدی در تعدیل مأخذ مالیاتی در مراحل توافق (ماده ۲۳۸) و هیئت‌های حل اختلاف ملزم می‌نماید.
دستورالعمل شماره ۲۰/۱۲۱۹/۱۹۴۸۰ مورخ ۱۳۶۶/۰۶/۱۴ نحوه اجرای قانون مالیات مقطوع کالا و خدمات مصوب ۱۳۶۶ را تبیین می‌کند. این سند به مواردی چون معافیت مالیات مشاغل دارندگان وسایل باربری، عدم کسر مالیات تکلیفی توسط کارفرمایان و شرایط شمول یا معافیت انتقال حق‌الامتیاز تلفن می‌پردازد.
دستورالعمل شماره ۱۸۲۷۹-پ سازمان حسابرسی، تکالیف و راهکارهای اجرایی حسابرسان را برای تعیین درآمد مشمول مالیات شرکتهای دولتی و مشمولین تبصره ۱ ماده ۱۱۰ قانون مالیات‌های مستقیم تبیین می‌کند. بر اساس این سند، در صورت تایید صورت‌های مالی توسط سازمان حسابرسی و تصویب مجمع عمومی، نیازی به رسیدگی مجدد توسط مقامات مالیاتی نخواهد بود.
دستورالعمل شماره ۱۶۶۵۵ وزیر امور اقتصادی و دارایی صراحت دارد که مطالبه مالیات از شعب و دفاتر نمایندگی مؤسسات خارجی در ایران باید بدون تبعیض و الزاماً بر اساس اسناد متقن و محرز صورت گیرد. بر این اساس، اخذ مالیات بر مبنای درآمد فرضی یا تلقی هزینه‌های دفاتر نمایندگی به عنوان درآمد کمیسیونری (بدون مدرک) ممنوع بوده و بخشنامه‌های مغایر لغو می‌گردند.
دستورالعمل شماره 30/4/1769/8250 صادر شده از سوی وزیر امور اقتصادی و دارایی، تکالیف پرداخت‌کنندگان حقوق در خصوص کسر و واریز مالیات، نحوه محاسبه مالیات حقوق سالانه، پاداش، اضافه‌کار پزشکان (ماده ۹۱) و بخشودگی‌های مناطق محروم را تبیین می‌کند.
دستورالعمل شماره ۷۱۷۵۵پ مورخ ۱۳۸۰/۱۱/۲۹ صادر شده از سوی وزیر امور اقتصادی و دارایی، تکالیف دقیق محاسباتی مودیان و دستگاه مالیاتی را پیرو اصلاحیه قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۱۳۸۰/۱۱/۲۷ مشخص می‌کند. این سند با ارائه مثال‌های عددی، نحوه تسری معافیت‌های جدید، مشمولیت فوق‌العاده‌ها و مزایای غیرنقدی، و نحوه استرداد مابه‌التفاوت مالیات بهمن ماه را تبیین می‌نماید.
دستورالعمل شماره ۳۰/۵/۱۳۷۴/۸۲۲۹ مورخ ۱۳۸۰/۰۵/۲۸ با تشریح مقررات ماده ۱۳۸ قانون برنامه سوم توسعه، معافیت اولین نقل و انتقال قطعی مجتمع‌های مسکونی (۳ واحد به بالا در روستا، ۵ واحد در شهرهای کوچک و ۱۰ واحد در شهرهای بزرگ) را ابلاغ کرده است. این سند نحوه محاسبه درآمد ساخت و فروش را فارغ از ارزش عرصه و بر اساس جدول بهای تمام‌شده اعیانی وزارت مسکن و با اعمال نرخ‌های ماده ۱۳۱ بدون معافیت معیشتی تعیین نموده است.
چکیده: دستورالعمل شماره ۳۰/۵/۴۴۳۹/۴۹۰۱۰ تکالیف حوزه‌ها را در اجرای تبصره ماده ۱۸۶ قانون مالیات‌های مستقیم مشخص کرده است. بر این اساس، حوزه‌ها موظفند ظرف حداکثر ۱۵ روز به استعلام اتحادیه‌ها پاسخ دهند. در صورت وجود بدهی قطعی، با پرداخت ۵۰ درصد بدهی و تقسیط مابقی، و در صورت عدم قطعیت، با وصول مبلغی علی‌الحساب، مکلف به صدور گواهی مالیاتی اصناف خواهند بود.
دستورالعمل شماره 217/3980/31562 مورخ 1381/06/02 وزیر امور اقتصادی و دارایی، متضمن احکام قاطعی در خصوص تشریفات دادرسی ماده 251 مکرر است. این سند ضمن تعیین مهلت 14 ساعته در تهران و 3 روزه در استان‌ها برای استعلامات کتبی و تلفنی دبیرخانه، نحوه اجرای قرارهای رسیدگی از طریق ادارات کل را تبیین نموده و مسئولیت نهایی اجرای آن را بر عهده رئیس سازمان امور مالیاتی قرار داده است.
