دیوان عدالت اداری بخشنامه سازمان امور مالیاتی را که پرداخت‌کنندگان کرایه حمل‌ونقل به رانندگان خودمالک را از کسر مالیات علی‌الحساب معاف می‌کرد، مغایر ماده 104 قانون مالیات‌های مستقیم دانست و ابطال کرد.

«در رأی شماره ۲۴۴ مورخ ۲۴ خرداد ۱۳۸۸، هیأت عمومی دیوان عدالت اداری به شکایت شورای اسلامی شهر دولت‌آباد اصفهان برای ابطال مواد ۲۴، ۲۵ و ۳۲ آیین‌نامه اجرایی قانون تجمیع عوارض رسیدگی کرد. شاکی معتقد بود این مواد با مواد ۷۵ و ۷۷ قانون شهرداری‌ها در تعارض است و صلاحیت کمیسیون ماده ۷۷ را نقض می‌کند. دیوان با استناد به تبصره ۳ ماده ۶ قانون تجمیع عوارض و شمول احکام ماده ۲۱۱ به بعد قانون مالیات‌های مستقیم بر وجوه مشترک مالیات و عوارض، نتیجه گرفت که مرجع رسیدگی هیأت حل اختلاف مالیاتی است و آیین‌نامه در چارچوب حکم خاص مقنن تنظیم شده است؛ بنابراین مواد ۲۴، ۲۵ و ۳۲ مغایر قانون شناخته نشد و ابطال نگردید.»

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری اعلام کرد:

بخشنامه شماره ۳۳۲۰۷/۲۹۸۹-۲۱۱ مورخ ۱۳۸۲/۶/۲۳ سازمان امور مالیاتی و رأی وحدت رویه شماره ۹۹۹۲/۴/۳۰ مورخ ۱۳۷۶/۹/۲۶ شورای عالی مالیاتی که استرداد مالیات اضافه دریافت‌شده را پس از پرداخت نهایی غیرممکن می‌دانستند، خلاف حکم صریح ماده ۲۴۲ قانون مالیات‌های مستقیم و مغایر هدف قانونگذار هستند. مطابق ماده ۲۴۲، در صورت دریافت مالیات بیشتر از میزان قانونی، اداره مالیاتی موظف به تهیه گزارش، صدور برگ استرداد و بازپرداخت مبلغ اضافه ظرف یک ماه است. بنابراین نظریه «امر مختومه بودن پرونده پس از پرداخت» مانع استرداد نیست. دیوان با استناد به اصل ۱۷۰ قانون اساسی و مواد ۱، ۱۹ و ۴۲ قانون دیوان عدالت اداری، هر دو مقرره را ابطال کرد.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری تعارض میان آراء شعب ۱۴ و ۱۶ را محرز دانست. شعبه ۱۴ اعلام کرده بود که تغییرات خط تولید و نصب ماشین‌آلات جدید به‌معنای ایجاد واحد تولیدی تازه نیست و بنابراین شرکت کمپرسورسازی ایران مشمول معافیت مالیاتی ماده ۱۳۲ اصلاحی ۱۳۷۶ نمی‌شود. شعبه ۱۶ توسعه تجهیزات را دلیل برخورداری از معافیت دانسته بود. هیأت عمومی با استناد به متن ماده ۱۳۲ تأکید کرد معافیت صرفاً متعلق به واحدهای تولیدی تازه‌تأسیس است و تغییر و توسعه واحد موجود کافی نیست. در نتیجه رأی شعبه ۱۴ صحیح و لازم‌الاتباع اعلام شد.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری در رسیدگی به شکایت چند شرکت پیمانکاری، نامه شماره 3507‑211 مورخ 1384/09/21 مدیرکل دفتر فنی سازمان امور مالیاتی و بخشنامه شماره 59657 مورخ 1387/06/20 را بررسی کرد. این مقررات خرید تجهیزات در قراردادهای EPC، EP و PC را نیز مشمول کسر ۵ درصد مالیات علی‌الحساب موضوع ماده 104 قانون مالیات‌های مستقیم می‌دانستند. هیأت عمومی اعلام کرد ماده 104 صرفاً ناظر به حق‌الزحمه و کارمزد خدمات است و تسری آن به مبالغ مربوط به خرید تجهیزات فاقد مبنای قانونی است. به دلیل اطلاق و توسعه حکم مقنن، این مقررات خارج از حدود اختیارات مرجع صادرکننده تشخیص داده شده و ابطال شدند.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری با استناد به نظر فقهای شورای نگهبان، بخشنامه‌های سازمان امور مالیاتی که اخذ تضمین بابت جرایم تأخیر دوران تقسیط بدهی مالیاتی را الزامی کرده بودند، مغایر شرع و فاقد مبنای قانونی تشخیص داد و ابطال کرد. دیوان اعلام کرد چون قانونگذار در ماده 167 قانون مالیات‌های مستقیم جریمه‌ای برای دوران تقسیط پیش‌بینی نکرده است، اخذ تضمین بابت آن موجب دریافت وجه مازاد و اکل مال به باطل محسوب می‌شود.

بررسی دقیق و تخصصی ابطال عبارتی از بند ۸ و بندهای ۱۰ و ۱۱ بخشنامه ۲۳۲/۳۹۳/۳۰۵۴۵ استان ۱۳۸۸؛ شامل بررسی مستندات، دلایل ابطال و آثار حقوقی و اجرایی برای مراجع ذی‌ربط.

تحلیل حقوقی و جامع ابطال قسمت دوم بند یک بخشنامه شماره 41019/211/2700 مورخ ۱۳۸۵ سازمان امور مالیاتی؛ شامل بررسی تفصیلی مستندات، دلایل ابطال و آثار مالیاتی بر مؤدیان و سازمان.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری بخشنامه سازمان امور مالیاتی مبنی بر شمول مالیات بر حقوق کمک‌هزینه‌های مهد کودک، یارانه غذا، ایاب و ذهاب و بن کالا را خلاف قانون دانست و ابطال کرد. دیوان با استناد به ماده 40 قانون الحاق موادی، تاکید کرد این کمک‌هزینه‌ها «مزایای مربوط به شاغل» هستند و خارج از شمول «مزایای مربوط به شغل» موضوع ماده 83 قانون مالیات‌های مستقیم محسوب می‌شوند.

تحلیل تخصصی ابطال بند (ز) بخشنامه شماره ۱۳۵۳۰ مورخ ۱۳۸۴ سازمان امور مالیاتی؛ شامل بررسی مستندات ابطال، دلایل حقوقی و آثار مالیاتی این تصمیم برای مؤدیان و سازمان.

شکایت موقوفه شریعتمداری نسبت به ماده ۵ آیین‌نامه اجرایی تبصره ۳ ماده ۱۳۹ اصلاحی قانون مالیات‌های مستقیم مطرح شد که شرط ارائه اسناد مالی ظرف ۴ ماه را برای بهره‌مندی از معافیت الزام آورده بود. هیأت عمومی دیوان عدالت اداری این ماده را مغایر قانون ندانسته و آن را در چارچوب اختیارات قانونی هیأت وزیران محسوب کرد و درخواست ابطال را رد نمود.

تحلیل دقیق ابطال فصل پنجم از آیین‌نامه اجرایی موضوع تبصره ۳ ماده ۱۳۹ اصلاحی قانون مالیات‌های مستقیم؛ دلایل حقوقی، مستندات ابطال و تأثیرات آن بر ساختار مالیاتی و حقوق مؤدیان.