ماده ۲۵ قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان یکی از مواد حیاتی این قانون است که به اعتبار قانونی صورتحساب‌های صادر شده در بستر نظام مالیاتی جدید می‌پردازد. بر اساس این ماده، پس از انقضای مواعد مقرر در ماده (۳) این قانون، صرفاً صورتحساب‌هایی که در سامانه مودیان ثبت نهایی شده باشند، معتبر بوده و در مراجع دادرسی مالیاتی قابل استناد خواهند بود. این حکم به این معناست که با لازم‌الاجرا شدن فراخوان‌های مربوط به هر گروه از مؤدیان، صورتحساب‌های غیرالکترونیکی یا صورتحساب‌های الکترونیکی که به هر دلیل در سامانه مودیان ثبت نشده‌اند، از نظر مالیاتی فاقد اعتبار خواهند بود و نمی‌توانند مبنای کسر اعتبار مالیاتی ارزش افزوده، احتساب هزینه قابل قبول مالیاتی یا هرگونه استناد دیگری در فرآیندهای مالیاتی و دادرسی قرار گیرند. این ماده همچنین به طور خاص ذی‌حسابان و مدیران مالی دستگاه‌های اجرایی را مکلف به رعایت این موضوع در پذیرش اسناد هزینه‌ای می‌نماید. علاوه بر این، سازمان امور مالیاتی کشور موظف شده است که امکان راستی‌آزمایی صورتحساب‌های الکترونیکی ثبت شده در سامانه را برای دستگاه‌های نظارتی فراهم آورد. ماده ۲۵ با ایجاد این الزام قوی، مؤدیان را به استفاده صحیح و به‌موقع از سامانه مودیان برای ثبت کلیه معاملات خود ترغیب می‌کند و شفافیت و قابلیت اتکای اطلاعات مالیاتی را به نحو چشمگیری افزایش می‌دهد. درک صحیح این ماده و اطمینان از ثبت کلیه صورتحساب‌ها در سامانه برای تمامی مؤدیان، به ویژه پس از تاریخ‌های شمولیت، امری ضروری برای جلوگیری از مشکلات مالیاتی و عدم پذیرش اسناد مثبته توسط سازمان امور مالیاتی است.