ماده ۲۸ قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، به موضوع چگونگی برخورد با جرائم و تخلفات مرتبط با اجرای این قانون می‌پردازد. بر اساس این ماده، نحوه مطالبه، وصول، تقسیط، بخشودگی و سایر ترتیبات پرداخت مربوط به جرائم موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، تابع احکام مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم خواهد بود. این بدان معناست که فرآیندهای مربوط به اعتراض به جرائم، رسیدگی به اختلافات مالیاتی ناشی از این جرائم، امکان تقسیط بدهی جریمه و شرایط بخشودگی آن، مطابق با رویه‌ها و ضوابطی است که در قانون مالیات‌های مستقیم پیش‌بینی شده است. بنابراین، مؤدیانی که مشمول جرائم عدم رعایت تکالیف در سامانه مودیان می‌شوند، برای اطلاع از حقوق خود و مراحل قانونی رسیدگی به این جرائم، باید به احکام مرتبط در قانون مالیات‌های مستقیم مراجعه نمایند. این ماده در واقع سازوکار دادرسی مالیاتی و نحوه مواجهه با تخلفات ذیل قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان را به نظام مالیاتی موجود ارجاع می‌دهد و چارچوب جدیدی برای آن تعریف نمی‌کند. آگاهی از این ماده برای مؤدیان از آن جهت اهمیت دارد که بدانند در صورت تعلق جریمه، از چه طریقی می‌توانند اعتراض کرده و پیگیری‌های لازم را انجام دهند. استفاده از دانش و تجربه متخصصان مالیاتی در این فرآیند، به مؤدیان کمک می‌کند تا به طور مؤثرتری از حقوق خود دفاع کرده و در چهارچوب قوانین موجود، نسبت به حل و فصل مسائل مربوط به جرائم اقدام نمایند.