ماده ۳۳ قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷، پیوند محکمی میان نظام جریمه‌ای این قانون و مکانیزم‌های حمایتی قانون مالیات‌های مستقیم ایجاد کرده است. طبق این ماده، احکام مربوط به تسهیلات، بخشودگی جرایم و تقسیط بدهی که در قانون مالیات‌های مستقیم وجود دارد، در مورد مالیات بر ارزش افزوده نیز جاری است. وحید اکبری توضیح می‌دهد که این ماده به مدیران مالی اجازه می‌دهد تا با استناد به حسن سابقه مودی، درخواست بخشودگی جرایم سنگین سنواتی را مطرح کرده و بار مالیاتی واحد اقتصادی را به شدت کاهش دهند.

ماده ۳۲ قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷، ساختار رسیدگی به اختلافات مالیاتی را مشخص کرده است. طبق این ماده، رسیدگی به اعتراضات مودیان در خصوص مالیات و جرایم ارزش افزوده، دقیقاً مشابه فرآیندهای پیش‌بینی شده در قانون مالیات‌های مستقیم (مواد ۲۴۴ به بعد) است. وحید اکبری در این مطلب توضیح می‌دهد که چگونه مودیان می‌توانند با استناد به این ماده، پرونده‌های سنواتی خود را به هیئت‌های حل اختلاف ببرند و از حقوق خود در مقابل برگ تشخیص‌های ناعادلانه دفاع کنند.

ماده ۳۱ قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷، سازوکار واریز و توزیع عوارض دریافتی از مودیان را مشخص می‌کرد. بر اساس این ماده، سازمان امور مالیاتی موظف بود مبالغ مربوط به عوارض را به حساب‌های رابط خزانه واریز کرده تا طبق شاخص‌های جمعیتی و توسعه‌نیافتگی بین شهرداری‌ها و دهیاری‌ها توزیع شود. وحید اکبری در این مطلب اشاره می‌کند که درک این ماده برای رفع ابهام در پرونده‌هایی که شهرداری‌ها مدعی عدم دریافت سهم خود از پروژه‌های خاص هستند، بسیار کلیدی است.

ماده ۳۰ قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷، ضمانت اجرای عدم پرداخت مالیات در مهلت مقرر را تعیین کرده بود. طبق این ماده، مودیانی که مالیات متعلق را تا تاریخ انقضای مهلت تسلیم اظهارنامه پرداخت نمی‌کردند، مشمول جریمه‌ای معادل ۲ درصد در ماه نسبت به مالیات پرداخت نشده می‌شدند. وحید اکبری در این مطلب اشاره می‌کند که این جریمه نسبت به مدت تاخیر محاسبه می‌شود و در پرونده‌های بازرسی سنواتی، می‌تواند مبالغ سنگینی را به مودی تحمیل کند که تنها راه تعدیل آن، استناد به بخشنامه‌های بخشودگی است.

ماده ۲۹ قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷، نظام جریمه‌ای این قانون را در ۵ بند (الف تا ث) تعریف کرده بود. این ماده برای تخلفاتی همچون عدم صدور صورتحساب (۱۰۰٪ جریمه)، عدم تسلیم اظهارنامه (۵۰٪ جریمه) و عدم ثبت‌نام (۷۵٪ جریمه) نرخ‌های سنگینی را پیش‌بینی کرده بود. وحید اکبری در این مطلب تأکید می‌کند که با وجود جایگزینی این قانون با قانون جدید از سال ۱۴۰۰، آگاهی از مفاد ماده ۲۹ برای دفاع در پرونده‌های مالیاتی سنواتی و استرداد مالیات‌های ناحق در مراجع دادرسی الزامی است.

ماده ۲۸ قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۳۸۷) زیربنای قانونی برای مشارکت بخش خصوصی در فرآیند اجرای نظام مالیاتی است. این ماده به سازمان امور مالیاتی اجازه می‌دهد تا بخشی از وظایف غیرحاکمیتی خود را به شرکت‌های واجد شرایط واگذار کرده و بر عملکرد آن‌ها نظارت دقیق داشته باشد. وحید اکبری در این مطلب تشریح می‌کند که چگونه این ماده مسیر را برای ظهور شرکت‌های معتمد (TSP) هموار کرد تا مودیان بتوانند با هزینه کمتر و دقت بالاتر، تکالیف مالیاتی خود را به متخصصان برون‌سپاری کنند.

ماده ۲۷ قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۳۸۷) به سازمان امور مالیاتی اجازه می‌دهد تا از خدمات اعضای جامعه حسابداران رسمی ایران جهت حسابرسی مالیاتی استفاده کند. طبق این ماده، اگر مودی گزارش حسابرسی مالیاتی خود را که توسط موسسات حسابرسی عضو جامعه تهیه شده است، در مهلت مقرر ارائه دهد، سازمان می‌تواند بدون رسیدگی مجدد، آن را مبنای قطعی‌سازی مالیات قرار دهد. وحید اکبری در این تحلیل تأکید می‌کند که این ماده یکی از ابزارهای قدرتمند مودیان برای "کاهش ریسک مالیاتی" و "تسریع در فرآیند قطعیت" است.

ماده ۲۶ قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۳۸۷) مودیان را مکلف می‌کند تا دفاتر، صورتحساب‌ها و سایر اسناد و مدارک مربوط به معاملات خود را به مدت ۱۰ سال نگهداری کنند. وحید اکبری در این مطلب تشریح می‌کند که ارائه این اسناد در زمان مراجعه مأموران مالیاتی، تنها راه اثبات «اعتبار مالیاتی» و جلوگیری از جریمه‌های سنگین است. این ماده در واقع امنیت حقوقی مودی را در مقابل ادعاهای احتمالی سازمان مالیاتی تضمین می‌کند، مشروط بر اینکه اصول آرشیو و طبقه‌بندی اسناد به درستی رعایت شده باشد.

ماده ۲۵ قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۳۸۷) به عنوان مرجع تعیین ضوابط و نحوه ثبت‌نام مودیان شناخته می‌شود. بر اساس این ماده، سازمان امور مالیاتی موظف است بستر و مهلت‌های لازم برای ثبت‌نام اشخاص مشمول را فراهم و اعلام نماید. وحید اکبری در این مطلب تشریح می‌کند که چگونه ثبت‌نام صحیح و به موقع، مانع از تعلق جرایم سنگین "عدم ثبت‌نام" می‌شود و بستر لازم برای استرداد اعتبار مالیاتی را فراهم می‌آورد.

ماده ۲۴ قانون مالیات بر ارزش افزوده (مصوب ۱۳۸۷) ناظر بر تعیین واحد مالیاتی صلاحیت‌دار برای رسیدگی به اظهارنامه‌ها و وصول مالیات است. طبق این ماده، ملاک اصلی، محل اقامتگاه مودی یا محل فعالیت اوست. وحید اکبری در این مطلب اشاره می‌کند که تشخیص صحیح حوزه مالیاتی از اهمیت بالایی برخوردار است، زیرا هرگونه اقدام مأموران مالیاتی خارج از محدوده صلاحیت محلی خود، می‌تواند مستند دفاعی مودی برای ابطاد اقدامات اجرایی در مراجع حل اختلاف باشد.