هیأت عمومی دیوان عدالت اداری با استناد به ماده ۲۵۵ قانون مالیات‌های مستقیم و اختیارات شورای عالی مالیاتی، بخشنامه شماره ۵۵۳۶۴ مورخ ۱۳۷۷/۱۱/۲۱ معاون درآمدهای مالیاتی وزارت امور اقتصادی و دارایی را که منجر به توقف اجرای بخشنامه تایید شده شورای عالی مالیاتی شده بود، مغایر قانون و خارج از حدود اختیارات تشخیص داده و ابطال کرد.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری با استناد به مقررات استخدامی و قانونی، کارکنان شهرداری‌ها را در حکم کارمندان دولت دانست و بخشنامه‌های شورای عالی مالیاتی مبنی بر مالیات‌بندی حقوق این کارکنان طبق مقررات بخش خصوصی را خلاف قانون تشخیص داد. به این ترتیب، بخشنامه‌های شماره ۱۴۱۸۷/۴/۳۰ و ۱۴۵۶۱/۴/۳۰ مورخ ۱۳۷۸/۱۲/۲۱ رییس شورای عالی مالیاتی ابطال شدند.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری به استناد قانون برنامه اول توسعه و رأی شماره ۱۴۶ مورخ ۱۳۸۰/۵/۷ این دیوان، بخشنامه سازمان امور مالیاتی درباره ادامه وصول ۳ درصد عوارض از درآمد مشمول مالیات شهرداری‌ها پس از پایان مهلت اجرای قانون را غیرقانونی تشخیص داده و بخشنامه شماره ۱۲۶۹/۲۵۸-۵/۳۰ مورخ ۱۳۸۱/۲/۲۲ را ابطال کرد.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری اعلام کرد که مالیات مقرر در لایحه قانونی اخذ مالیات از نوارهای ضبط صوت مصوب ۱۳۵۹ فقط شامل نوارهای وارداتی بوده و تسری آن به نوارهای ساخت داخل مغایر قانون است. لذا تبصره ماده یک آیین‌نامه اجرایی شماره ۳۵۹۵۰ و ماده ۲ آیین‌نامه شماره ۳۹۵۰ به استناد ماده ۲۵ قانون دیوان عدالت اداری ابطال شد.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری بخشنامه شماره ۷۱۱۳/۸۷۸-۲۰۱ مورخ ۲۱/۲/۸۲ سازمان امور مالیاتی کشور را که اشتغال کارکنان این سازمان در ساعات غیراداری در شرکت‌ها و موسسات تجاری را بدلیل جلوگیری از تضاد منافع و فساد مالی و مالیاتی نامجاز اعلام کرده بود، مغایر قانون و شرع ندانست و آن را ابطال نکرد. شاکی به استناد اصل ۱۴۱ قانون اساسی، معتقد به مغایرت بود، اما شورای نگهبان نیز بخشنامه را خلاف شرع ندانست.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری رأی شماره ۲۳۵۸-۲۰۱ مورخ ۱۳۸۲/۰۳/۲۵ شورای عالی مالیاتی را که ماده ۱۰۲ قانون مالیات‌های مستقیم را به اشخاص حقوقی تعمیم داده بود، مغایر صراحت قانون (ماده ۹۳) دانست و ابطال نمود. دیوان تاکید کرد مقررات مالیات مشاغل طبق ماده ۹۳ تنها شامل اشخاص حقیقی بوده و اشخاص حقوقی مشمول فصل پنجم قانون مالیات‌ها هستند.

در پرونده شرکت سرمایه‌گذاری امیدقدس، هیأت عمومی دیوان عدالت اداری بخشنامه شماره ۸۵۴/۱۰۴۴۸ مورخ ۱۷/۱/۸۱ سازمان امور مالیاتی را که بدون رعایت شرایط قانونی و نظر شورای عالی مالیاتی صادر شده بود، خارج از حدود اختیارات رئیس سازمان تشخیص داده و آن را ابطال کرد. دیوان بر رعایت ساختار قانونی و نظر شورای عالی مالیاتی در صدور بخشنامه‌های مالیاتی تأکید نمود.

هیأت عمومی دیوان عدالت اداری بخشنامه شماره ۴۳۲۸۸ مورخ ۱۳۷۸/۰۸/۲۹ وزارت امور اقتصادی و دارایی را که به موجب آن از خریداران خودروهای متعدد—even بدون فروش—مالیات اخذ می‌شد، خلاف قانون تشخیص داد و ابطال کرد. با اینکه شورای نگهبان عدم مغایرت بخشنامه با شرع را اعلام کرده بود، دیوان تأکید نمود که مالیات بر درآمد تنها در صورت احراز «کسب درآمد» قابل وصول است و نمی‌توان صرف خرید خودرو را ملاک مالیات‌ستانی قرار داد.

شکایت علیه مصوبه شورای اسلامی شهر تهران در سال ۱۳۸۲ مطرح شد که ۱۰٪ بهای خدمات شهری را برای تالارها و باشگاه‌ها مقرر کرده بود. هیأت عمومی دیوان عدالت اداری با استناد به قانون تجمیع عوارض و قانون شوراها، این مصوبه را به دلیل تجاوز از حدود اختیارات شورا و مغایرت با قانون، ابطال کرد. بررسی دقیق قانون و تفاوت ماهوی بهای خدمات و عوارض، از نکات مهم این رأی است.

مرجع تخصصی تحلیل ابطال بخشنامه‌های 232/1768/3884/15776 سازمان امور مالیاتی؛ شامل مستندات، دلایل ابطال، آثار حقوقی و پیامدهای اجرایی برای مؤدیان و کارشناسان.

تحلیل جامع ابطال بخشنامه 31-213 سازمان امور مالیاتی؛ شامل دلایل ابطال، مستندات حقوقی، و اثرات آن بر محاسبات و تکالیف مالیاتی مؤدیان و کارشناسان.

تحلیل تخصصی ابطال اطلاق دستورالعمل 110/10/14168 امور مالیاتی خوزستان؛ شامل دلایل ابطال، آثار حقوقی، و پیامدهای اجرایی برای مؤدیان و کارشناسان مالیاتی.